Urodził się 13 stycznia 1870 r. w Trzemieszynie nieopodal Gniezna (Wielkopolska). Jednakże cała jego rodzina przeniosła się do Galicji, gdyż ojciec opuścił rządową służbę w państwie pruskim. W 1888 r. rozpoczyna studia na Wydziale Inżynierii Politechniki Lwowskiej. W 1894 roku, w tym samym czasie, gdy uzyskał dyplom inżyniera, zostaje członkiem Galicyjskiej Partii Socjaldemokratycznej (od 1899 r. Polskiej Partii Socjalno-Demokratycznej Galicji i Śląska). W 1907 roku w okręgu wyborczym Stryj-Kałusz zdobywa mandat do wiedeńskiej Rady Państwa. Z tego tytułu wchodzi do Zarządu PPS-D. Posłem zostaje ponownie w 1911 roku.
W okresie I wojny światowej Moraczewski jako oficer I Brygady Legionów Polskich był realizatorem linii politycznej obozu niepodległościowego. Linię tę wyznaczał głównie Józef Piłsudski.

Od 1917 roku Moraczewski coraz bardziej wysuwa się na jedno z pierwszych miejsc spośród najbliższych współpracowników Piłsudskiego. Po rewolucji lutowej w Rosji podziela stanowisko Brygadiera, że „ten wróg spadł z naszego organizmu, wobec czego pozostałym okupantom, a przede wszystkim Niemcom „trzeba przeciwstawić wolę narodu”. W związku z kryzysem przysięgowym zostaje wydalony z Polskiego Korpusu Posiłkowego. Broni od tej pory na forum parlamentu austriackiego represjonowanego żołnierza legionowego, upominając się przy każdej okazji o internowanego Piłsudskiego.
Jesienią 1918 r., kiedy doszło do załamania się państw centralnych i rozpadu Austro-Węgier, PPS-D desygnowało Moraczewskiego do Polskiej Komisji Likwidacyjnej. W zawiązanym w nocy z 6 na 7 listopada w Lublinie Tymczasowym Rządzie Republiki Polskiej Moraczewski otrzymał resort poczty i komunikacji.
Na wieść o powrocie z twierdzy magdeburskiej Piłsudskiego, Moraczewski niezwłocznie przybywa do stolicy. W kilka dni później, 18 listopada, obejmuje z woli Naczelnika stanowisko prezydenta Rady Ministrów w gabinecie będącym kontynuacją rządu lubelskiego, mającego ogólnopolski charakter.
Miejsce urodzenia premiera wykorzystane zostało jako ważki argument na korzyść jego kandydatury, mający neutralizować opozycję polityków z Poznańskiego, reprezentujących stanowisko Narodowej Demokracji.
Od samego początku układ władz nowopowstałego państwa, a w szczególności pozycja Piłsudskiego, był niejasny. Ten stan rzeczy rozwiązał kontrasygnowany dekret z 22 listopada 1918 r. o najwyższej władzy reprezentatywnej Republiki Polskiej. Ustanowił on funkcję Tymczasowego Naczelnika Państwa, która miał sprawować Józef Piłsudski do czasu zwołania Sejmu Ustawodawczego. Od tego momentu rząd stawał się odpowiedzialny przed Naczelnikiem.
Kilka dni później, 28 listopada, rząd opublikował ordynację wyborczą do Sejmu Ustawodawczego. Dekret o wyborach w sposób czytelny określał zasięg polskich aspiracji terytorialnych przez wyznaczenie konkretnych okręgów wyborczych. Obejmowały one nie tylko obszary Królestwa Kongresowego, Galicji i zaboru pruskiego, ale sięgały też ziemi złotowskiej, Opolszczyzny oraz Górnego Śląska. Zatem Moraczewski oraz Naczelnik Państwa z jednakową troską podchodzili zarówno do zachodnich, jak i wschodnich granic odradzającego się państwa.
W nocy z 4 na 5 stycznia 1919 r. grupa polityków związana z prawicą pod przewodnictwem płk. Mariana Januszajtisa, Eustachego Sapiehy i Jerzego Zdziechowskiego zorganizowała zamach stanu. Zamachowcy aresztowali wprawdzie samego premiera i kilku ministrów, lecz próba aresztowania szefa sztabu gen. Stanisława Szeptyckiego oraz samego Piłsudskiego zakończyła się fiaskiem. Naczelnik, pomimo rządowej deklaracji o nie pobłażaniu winnym, potraktował zamachowców nader łagodnie. Był to sygnał, że dni rządu Moraczewskiego są policzone. 16 stycznia gabinet podaje się do dymisji.
W wyłonionym w wyborach 26 stycznia 1919 r., Sejmie Ustawodawczym Moraczewski obejął funkcję wicemarszałka. Jednocześnie zostaje przewodniczącym Związku Polskich Posłów Socjalistycznych. W lipcu 1920 r. staje na czele Wydziału Wojskowego PPS, kierując zarówno werbunkiem do oddziałów ochotniczych, jak i dywersyjnymi poczynaniami POW na tyłach wojsk radzieckich. Zostaje wybranym posłem do Sejmu I kadencji (1922-1927), wchodzi też, jako minister robót publicznych, w listopadzie 1925 r. do gabinetu Aleksandra Skrzyńskiego, rychło jednak z inspiracji Piłsudskiego, zeń występując. Odgrywa znaczącą rolę podczas przewrotu majowego, współorganizując strajk kolejarzy. Od października 1926 r. piastował tekę ministra robót publicznych w gabinetach Józefa Piłsudskiego, Kazimierza Bartla oraz Kazimierza Świtaskiego. Jesienią 1927 r. Centralny Sąd Partyjny pozbawia go członkostwa Polskiej Partii Socjalistycznej.
Z czynnego życia politycznego Moraczewski wycofuje się jesienią 1930 roku, koncentrując się jedynie na pracy związkowej. Od 1931 roku staje na czele prosanacyjnego Związku Związków Zawodowych, będąc do ostatnich dni II RP przewodniczącym jego Centralnego Wydziału Zawodowego.
Podczas okupacji, mimo osobistych tragedii (córka i syn giną w Oświęcimiu) nie zaprzestaje pracy społecznej, choć jedynie w lokalnym wymiarze. Ginie, trafiony przypadkowym odłamkiem pocisku artyleryjskiego w swym mieszkaniu 5 sierpnia 1944 r.